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Les principaux habitats d'intérêt communautaire de la zone sont :
Les prés-salés continentaux (habitats prioritaires) avec en particulier des prés-salés estuariens et de fond d'anse (Terenez) ; le Cochleario anglicae-Plantaginetum maritimae et le Cochleario anglicae-Frankenietum laevis sont deux communautés de schorre synendémiques ouest bretonnes.
Les récifs et les fonds marins de faible profondeur abritent une faune et une flore d'une grande richesse répertoriée depuis plus d'un siècle par la station biologique de Roscoff (ex : plateau de la Méloine ; herbiers de Zostera marina à l'ouest et à l'est de l'île Callot ; bancs de maërl au nord-ouest de l'île Callot).
En superposition avec l'habitat 1110, la superficie de l'habitat 1160 ( grandes criques et baies peu profondes) est estimée à 22.59% de la surface du site soit environ 6020 ha.
Sur les plateaux qui bordent la baie et les estuaires, des secteurs de lande littorale sèche accueillent une flore remarquable (ex : Centaurium scilloides).
Ce vaste secteur abrite logiquement une faune très riche et notamment d'intérêt communautaire comme les phoques.
Les îlots et hauts-fonds du plateau de la Méloine servent d'abri et de repos aux phoques (gris) en migration d'Ouest en Est et vers le Royaume-Uni. Ces derniers fréquentent aussi les parages riches de l'île de Batz.
Il convient de mentionner la station marine de Roscoff de l'université de Paris Pierre et Marie Curie qui accueille depuis 130 années les travaux des chercheurs océanographiques et notamment sur le site. C'est un pôle d'excellence dans ce domaine et une véritable richesse locale
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Le site Baie de Morlaix - plateau de la Méloine comprend trois ensembles intéressants :
·le secteur Roscoff/île de Batz, vaste platier rocheux à la biodiversité exceptionnelle qui a justifié l'implantation de la station marine de Roscoff et comprend notamment des ceintures en laminaires remarquables.
·la vaste échancrure de la Baie de Morlaix avec l'arrivée de ses deux petits fleuves côtiers : la rivière de Morlaix et Penzé qui se caractérise également par un archipel intéressant d'îles et d'îlots.
·le plateau de la Méloine, formant un plateau rocheux détaché, dont la richesse halieutique a justifié un cantonnement de pêche aux crustacés et accueille en passage les populations de phoques en transit.
La cohérence du site tient à l'influence trophique de la baie sur son débouché relativement abrité des très forts courants de sortie de la Manche. L'ensemble forme un milieu riche qui se traduit par sa productivité primaire (activités conchylicoles, pêche) et sa richesse ornithologique.
Ce site présente des recouvrements d'habitats notamment pour l'habitat 1160 "grandes criques et baies peu profondes" les superficies réelles seront précisées par la cartographies des habitats. |
| Composition du site : |
| Mer, Bras de Mer |
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80 % |
| Rivières et Estuaires soumis à la marée, Vasières et bancs de sable, Lagunes (incluant les bassins de production de sel) |
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10 % |
| Galets, Falaises maritimes, Ilots |
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3 % |
| Marais salants, Prés salés, Steppes salées |
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1 % |
| Landes, Broussailles, Recrus, Maquis et Garrigues, Phrygana |
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1 % |
| Prairies semi-naturelles humides, Prairies mésophiles améliorées |
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1 % |
| Forêts caducifoliées |
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1 % |
| Rochers intérieurs, Eboulis rocheux, Dunes intérieures, Neige ou glace permanente |
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1 % |
| Prairies ameliorées |
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1 % |
| Forêts de résineux |
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1 % |
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10 km 
Appelation :
Région :
